Yuya, que no pudo detener el Duelo entre Yuto y Sora, decide entrar en el Duelo con una Batalla Real. Y después, de la nada, cuando Yuya Invoca por Péndulo a su "Dragón de Péndulo de Ojos Anómalos", el "Dragón Xyz Rebelión Oscura" de Yuto comienza a resonar con él. Mientras tanto, Sora, cuyo corazón sigue ardiente de venganza contra Yuto, es víctima de un extraño suceso. Además de esto, aparece un nuevo Duelista ante un conmocionado Yuya, cuyo verdadero rostro le causa un impacto mayor.